Да, разница между начислениями сформируется автоматически и будет учтена на едином налоговом счете налогоплательщика после отражения в совокупной обязанности начислений на основании сообщения об исчисленных налоговым органом суммах налогов.
Источник:
Статья 11.3 Налогового кодекса Российской Федерации
